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Geuensee wird unter dem Namen «Geinwison» erstmals im Urbar des Klosters Einsiedeln von 1217/22 erwähnt. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts erscheint die Körperschaft aber im Habsburger Urbar als Bestandteil des Gerichtskreises Sempach. Mit der Verpfändung der Herrschaft Büron ging Geuensee 1424 schliesslich an Luzern über.
Vom Kirchenkreis her bildete der Ort Geuensee bis 1944 ein Teil der Pfarrei der Stadt Sursee. Die Weiler Krumbach und Hunzikon hingegen gehörten bis 1807 zu Oberkirch; danach wurde Hunzikon Sursee, Krumbach hingegen Büron zugeteilt.
Seit 1944 ist damit Geuensee eine selbständige Pfarrei, deren Grenzen mit der politischen Gemeinde identisch sind. Sie verfügt über die 1935/36 errichtete Pfarrkirche Sankt Nikolaus. Von kunsthistorischer Bedeutung sind die 1608 eingeweihte Kapelle Sankt Nikolaus in Geuensee und die Kapelle Sankt Wendelin von 1576 im Weiler Krumbach: Am St. Wendelinstag (20. Oktober) pilgern die Bauern von weit her zur Kapelle, um den Segen für ihr Vieh zu erflehen.